Самым действенным способом охраны растительного мира являются заповедники как эталонные территории, навечно исключаемые из хозяйственного использования. Очень важным, принципиальным моментом является то, что в заповедниках охраняются не отдельные виды, а природные комплексы, в их исторически сложившихся связях и взаимообусловленностях, в типичной обстановке.
Полная охрана природы, в том числе и всего видового состава растений и их группировок, на Дальнем Востоке осуществляется в 11 заповедниках. В Амурской области функционирует Зейский и Хинганский государственные заповедники, в Магаданской области — о-в Врангеля и Магаданский, в Камчатской области — Кроноцкий государственный заповедник, в Хабаровском крае — Болыне-Хехцирский и Комсомольский государственные заповедники, в Приморском крае — Сихотэ-Алинский и Лазовский им. Л. Г. Капланова государственные заповедники и три заповедника, подчиненных ДВНЦ АН РФ, Уссурийский им. В. Л. Комарова, Кедровая падь и Дальневосточный морской заповедник, последний расположен в заливе Петра Великого, охватывая ряд островов и часть акватории.
С целью охраны генофонда растений в первую очередь следовало бы выявить их систематический состав на заповедных территориях. Но осуществить это в настоящее время, к сожалению, не представляется возможным из-за недостаточной изученности заповедников во флористическом отношении. Более или менее полностью выявлен видовой состав всех отделов растительного царства лишь в заповедниках «Кедровая падь» и Уссурийского заповедника им. В. Л. Комарова. Видовой состав сосудистых растений в основном выявлен в заповедниках Лазовском им. Л. Г. Капланова, о-ва Врангеля и в Сихотэ-Алинском. Частично изучен растительный мир заповедников Болыне-Хехцирского, Комсомольского, Зейского и Хинганского. Совершенно не изучен в ботаническом отношении и нет публикаций о растительном мире Кроноцкого заповедника. Предстоит изучить растительный мир самого молодого в регионе Дальневосточного морского заповедника.